A Magyarországi Nagyoriens Nagypáholy 1871-ben alakult.
A Fővárosi Bíróság 1991-ben mint kulturális egyesületet ismét nyilvántartásba vette Magyar Nagyoriens néven. Törvényes működését engedélyezte. A rend mint intézmény független, a szabadkőművességnek az európai kontinensen legelterjedtebb latin ágához kötődik.
A Francia Nagyoriens 1991-ben a múlt századi pátenst megerősítette és rendünket a korábbi Nagypáholy jogfolytonos jogutódjának ismerte el. A magyar szabadkőművesség jogfolytonosságát Franciaország Nagypáholyának is köszönheti, amely 1956-tól lehetőséget adott egy Párizsban, magyar nyelven, „755. Martinovics” név alatt dolgozó páholy, megalakítására. Ez a páholy több mint harminc éven át az egyedüli törvényes, magyar szabadkőműves páholy volt Európában, és talán az egész világon.
Franciaország Nagypáholya (Grande Loge de France), Franciaország Nagyoriense (Grand Orient de France) és a belga szabadkőműves rendek (Grand Orient de Belgique és Grande Loge de Belgique) erkölcsileg és anyagilag is tevékenyen hozzájárultak ahhoz, hogy 1992-ben a Magyar Nagyoriens újjáalakuljon.
1992-ben a megalakult Magyarországi Nagyorienst Franciaország Nagypáholya, a Francia Nagyoriens, a francia Opera Nagypáholy, a Belga Nagypáholy, és a Belga Nagyoriens az 1871-ben alapított Magyarország Nagyoriense jogfolytonos utódjának ismerte el.
Ezzel az európai szabadkőművesség történetében, az alapítások dátuma alapján az ötödik Szabadkőműves Rendnek számítunk.
A 2022. rendkívüli konventen a magyarországi Nagyoriens úgy határozott, hogy módosítja belső szervezetét, amely 3 páholyszövetséget biztosít: a férfi páholyok szövetségét, a vegyes páholyok szövetségét és a női páholyok szövetségét (ami még nem alakult ki). Konkrétan ez azt jelenti, hogy 2022 novembere óta nők is beavathatók a Magyarországi Nagyoriensbe.
Az alapító páholyok a következők voltak:
a Szeged Keletén működő Universum,
a Budapest Keletén működő Jászi Oszkár páholy, a Leonardo páholy, és a francia rítust követő Humanitas páholy. Ennek a páholynak a fényeit a Grand Orient de France kebelén belül Tolérance et Fraternitée néven Belfort-ban működő páholy gyújtotta.
1995. márciusában, a Leonardo páholy főmestere megbízására a Nagyoriensbe felvett francia és franciául beszélő testvérekből alakítanak szabadkőműves kört abból a célból, hogy Magyarországon, francia munkanyelvű páholy alakulhasson. Ennek az volt az indoka, hogy a Grande Loge de France kebelén belül mintegy 40 évig dolgozhatott a magyar munkanyelvű, Martinovics páholy. Ezzel lehetővé tették az illegalitásba és az emigrációba kényszerült testvérek számára, hogy a magyar szabadkőművesség lángjait megőrizzék. Az elképzelés szerint, a francia szabadkőművességnek úgy tudták viszonozni ezt a testvéri segítséget, hogy a Magyarországi Nagyoriens kebelén belül, egy francia munkanyelvű páholy nyílik.
2005 szeptemberében megalakult páholy a francia-magyar testvéri kapcsolatok jelképeként felvette a II. Rákóczi Ferenc nevet.
2006-ban újabb vidéki páhollyal gazdagodott a Magyarországi Nagyoriens. Pécsett alakult meg a Zsolnay páholy.
Még ebben az évben, a történelmi múltra visszatekintő Martinovics páholy megkapta a Grande Loge de France-tól az elbocsátó pátenst, s a páholy, betöltve 40 éves célját, visszatelepült Magyarországra. A páholy 2008-ban ünnepelte alapításának 100 éves évfordulóját.